La Junta de Gobierno es el órgano de gobierno, gestión, administración y dirección de la Cofradía. Está compuesta por la Hermana Mayor Presidenta, el Vicepresidente, el Secretario General, el Tesorero y los Vocales correspondientes. La presidencia de la Cofradía es elegida por la Asamblea General cada cuatro años, según lo previsto en los Estatutos Generales y en el Reglamento de Régimen Interior.  
 
Tras el desarrollo del último proceso electoral para la elección de Hermana Mayor Presidenta, el obispo de la Diócesis de Orihuela-Alicante, Mons. D. José Ignacio Munilla Aguirre, nombró, mediante decreto, a Dña. Balbina Oncina Alemañ como Hermana Mayor Presidenta de la Real y Muy Ilustre Cofradía de Nuestra Señora de la Soledad de Santa María, y a Dña. Carmen Iborra Torregrosa como Hermana Mayor Presidenta de la Real y Muy Ilustre Cofradía del Santísimo Cristo de las Almas y de San Pedro Apóstol.

  
Tras la recepción de los respectivos decretos, juraron su cargo las recién ratificadas Presidentas en el transcurso del solemne acto celebrado en la Basílica de Santa María, al que siguió la presentación de las nuevas Juntas de Gobierno que dirigen las Cofradías.